反转录转座子(retrotransposon或retroposon)指通过RNA为中介，反转录成DNA后进行转座的可动元件。这样的转座过程称为反转座作用(retrotrans—position)。反转座作用出现在真核生物，包括能自由地感染宿主细胞的反转录病毒，以及通过以RNA为中介进行转座的DNA序列。除反转录病毒外，反转录转座子可以分成两类：一类是病毒超家族(viral superfamily)，这类反转录转座子编码反转录酶或整合酶(integrases)，能自主地进行转录，其转座的机制同反转录病毒相似，但不能像反转录病毒那样以独立感染的方式进行传播；另一类是非病毒超家族(nonviral superfamily)，自身没有转座酶或整合酶的编码能力，而在细胞内已有的酶系统作用下进行转座。病毒超家族同非病毒超家族都来源于细胞内的转录物，两者的明显区别在于病毒超家族成员的DNA分子两端有长末端重复序列(10ng terminal repeats，LTR)，这是反转录病毒DNA基因组的特征性结构，非病毒超家族的成员没有LTR结构。同时，病毒超家族成员都能编码产生转座酶或整合酶，或者二者兼而有之，所以能自主地进行转座。非病毒超家族成员不产生有生物学活性的酶，因此不能进行自主转座。但所有反转录转座子都有一个共同的特点，即在其插入位点上产生短的正向重复序列。
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